Вы должны поместить их в свой путь к классу, как
java -classpath someJar.jar YourMainClass
И, конечно, вы можете сделать то же самое для javac.
Если вам нужно иметь более одного jar или каталога на вашем пути к классам, вам нужно будет использовать разделитель пути вашей платформы по умолчанию . Например, в Windows
java -classpath someJar.jar;myJar.jar YourMainClass
Кстати, вам может быть проще использовать IDE для управления такого рода вещами. Я лично использовал только мой слегка скриптовый редактор и отлично справился. Но хорошо знать, как это делать из командной строки.