Я столкнулся с той же проблемой. Мое решение состояло в том, чтобы использовать отражение, чтобы изучить все методы в классе ObjectFactory, исключив те, которые не были методами createXXX (), возвращающими экземпляр одного из моих связанных POJO. Каждый обнаруженный таким образом класс добавляется в массив Class [], который затем передается в вызов экземпляра JAXBContext. Это хорошо работает, нужно только загрузить класс ObjectFactory, который в любом случае был нужен. Мне нужно только поддерживать класс ObjectFactory - задача, выполняемая вручную (в моем случае, потому что я начинал с POJO и использовал schemagen), или может быть сгенерирована по мере необходимости xjc. В любом случае, он эффективен, прост и эффективен.