Один хороший аргумент в пользу их хранения в отдельных базах данных - это то, что его легче масштабировать (вы можете просто иметь несколько установок сервера с распределением клиентских баз данных по серверам).
Другим аргументом является то, что после входа в систему вам не нужно добавлять дополнительную проверку «где» (для идентификатора клиента) в каждом из ваших запросов.
Итак, главная БД, поддерживаемая несколькими БД для каждого клиента, может быть лучшим подходом,