Вам придется посмотреть на отдельные ошибки и выяснить, чего не хватает.
Аннотации JPA уже были частью Java EE 5, поэтому, если «hibernate» вызывает проблемы, это либо означает, что вы фактически не работаете в Java EE 5, либо используете аннотации, специфичные для hibernate. Аннотации REST действительно были добавлены в Java EE 6, но их можно относительно легко использовать в среде Java EE 5, добавив JAR с API, а также реализацию (например, Apache Jersey) в путь к классам приложения.
Кстати, здесь есть некоторая путаница в отношении Java SE и Java EE. Вы четко говорите о функциях Java EE, но между Java SE (о которой большинство людей думают, когда вы просто говорите «Java») существует большая разница с Java EE.