Лично у меня есть папка зависимостей как часть моих проектов, и я храню там ссылки на библиотеки.
Я считаю, что это облегчает жизнь, поскольку я работаю над несколькими различными проектами, часто с взаимозависимыми частями, для которых требуется одна и та же версия библиотеки, то есть не всегда возможно обновить ее до последней версии данной библиотеки.
Наличие всех зависимостей, используемых во время компиляции для каждого проекта, означает, что через несколько лет после того, как все пойдет дальше, я все еще могу построить любую часть проекта, не беспокоясь о том, чтобы сломать другие части. Обновление до новой версии библиотеки - это просто случай замены файла и перестройки связанных компонентов, управление которым при необходимости не слишком сложно.
Сказав это, я нахожу, что большинство библиотек, на которые я ссылаюсь, относительно небольшие и весят около нескольких сотен килобайт, редко больше, что делает для меня менее важной задачу просто вставить их в систему контроля версий.