Запустите Gitk в режиме backgroup и не закрывайте его во время вставки.Буфер обмена будет работать лучше, пока gitk еще работает.
$ gitk &
Вы также можете сделать это как функцию в ~ / .bashrc или ~ / .bash_aliases
function gitk() {
/usr/bin/gitk $@ &
}