Я тоже столкнулся с той же проблемой некоторое время назад. Я хотел использовать файл ключа, но Amazon где-то говорит, что вы не можете добавить файл ключа на существующий сервер EC2. Для первого приложения Beanstalk Amazon предварительно настроил приложение для вас. Вам нужно создать новое приложение, и вы можете настроить сервер EC2, который запускает приложение Beanstalk, на использование старого файла pem (ppk, если используется Putty), или вы можете создать новое. Теперь вы должны быть в состоянии SSH.
Затем настройте, затем удалите старое приложение.