Добавить / удалить файлы, чтобы получить вещи, как вы хотите:
git rm classdir
git add sourcedir
Затем измените коммит:
git commit --amend
Предыдущая, ошибочная фиксация будет отредактирована, чтобы отразить новое состояние индекса - другими словами, это будет так, как если бы вы никогда не допустили ошибку в первую очередь
Обратите внимание, что вы должны делать это, только если вы еще не нажали. Если вы нажали, то вам просто нужно зафиксировать исправление в обычном режиме.