Это довольно сложно. В общем, нативное приложение, такое как Adobe Reader, не предоставляет компонент, который можно встроить в свинг-приложение. Но в Windows есть COM / OLE подход, который позволяет встраивать приложение вместе. Эта статья может вам помочь. Он указывает на два проекта JCOM и JACOB, которые допускают такое встраивание.