Вы правы, что Putty генерирует пару ключей в другом формате, чем OpenSSH. Однако инструмент генерации ключей Putty позволяет открыть один из его ключей и затем создать OpenSSH-совместимый открытый ключ . Это выглядит так:
Вы сможете загрузить это на GitHub.