У меня была эта проблема с проектом F #, который был здесь и там между Visual Studio и MonoDevelop, возможно, возник в последнем (я забыл).В VS окно оптимизации не было проверено, но оптимизация, безусловно, происходила в том, что касается отладчика.
После сравнения XML файла проекта со здоровым, проблема была очевидна: у здорового проекта была явная строка <optimize>false</optimize>
, тогда как у плохого полностью ее не было.VS явно выводил из своего отсутствия, что оптимизация была отключена, в то время как компилятор делал обратное.
Решением было добавить это свойство в файл проекта и перезагрузить.