Как насчет каждой третьей недели?
Вот мое предложение:
0 6 * * Tue expr `date +\%W` \% 3 == 0 > /dev/null || /scripts/fortnightly.sh
... или ...
0 6 * * Tue expr `date +\%W` \% 3 == 1 > /dev/null || /scripts/fortnightly.sh
... или конечно ...
0 6 * * Tue expr `date +\%W` \% 3 == 2 > /dev/null || /scripts/fortnightly.sh
... в зависимости от ротации недели.