Возможно, срок действия записей в вашем кеше истекает слишком быстро, что приводит к фрагментации.
Ваша текущая статистика показывает: «Фрагментация: 0,33% (1,2 МБ из 349,3 МБ в 4594 фрагментах)», поэтому, похоже, нет причин для беспокойства.
Возможно, вы захотите изменить apc.stat = 0, чтобы повысить производительность, но внимательно прочитайте об этом в документации, прежде чем вносить изменения http://php.net/manual/en/apc.configuration.php