Если у вас есть только DLL, то вы застряли с ссылкой на DLL (очевидно).
Если у вас есть источник, то обычно лучше использовать ссылку на проект. Могут быть случаи, когда у вас есть служебная библиотека, которая никогда не изменится, но если есть малейшая вероятность того, что вам понадобится исправить ошибку, тогда наличие ссылки на проект значительно упростит отладку.