Я не работал с Github, и поэтому этот ответ может вообще не применяться, но мы используем Jenkins, и мы используем как CVS, так и Subversion для контроля версий.
В нашей системе мы используем другое имя пользователя /комбинации паролей для всех трех (Jenkins, CVS, Subversion), и это не имело никаких побочных эффектов (прошел год с тех пор, как мы развернули Hudson - в настоящее время мы создаем более 50 проектов).
Пока вы можете получить доступ к репозиторию Jenkins с помощью ключа развертывания github, вам не нужно менять Jenkins для запуска в качестве django или создавать пользовательский ключ jenkins для github.Лично я бы держал их отдельно.