Если виртуальная машина выполняет свою работу хорошо, клиенту должно быть невидимо, что она виртуализируется. Тем не менее, можно посмотреть на другие подсказки.
Я бы предположил, что поиск известных драйверов или программного обеспечения, специфичных для среды ВМ, был бы наилучшим из возможных способов.
Например, на клиенте VMWare под управлением Windows vmxnet.sys будет сетевым драйвером, отображаемым как ускоренный адаптер AMD PCNet для VMware.