Как еще одна точка данных, у меня была эта проблема без каких-либо свидетельств циклических ссылок, как описано в ссылках в ответе Бена. Создание проекта моего веб-сайта завершится неудачей с некоторыми из этих ошибок, и установка compilation batch="false" исправит его, но я не хотел идти по этому пути, поскольку это большой производственный веб-сайт.
Это решение находилось в подпапке моей папки D: \ svn, которую я сопоставил с S :. Когда я открыл решение из S :, произошли эти ошибки, но если я пошел прямо в D: \ svn и открыл решение, ошибок не было.
Я также заметил, что, несмотря на наличие compilation batch="true" в моем web.config, при открытии решения с подключенного диска S: все мои файлы .ascx компилируются в свои собственные сборки. Если я открою его из физического расположения, файлы .ascx будут скомпилированы в сборки соответствующих папок (именно так должна работать batch="true").
Странно.