Вам нужно обновить структуру дерева (т.е. переместить тег к другому родителю)?Если это возможно, встроенный подход станет трудным, и реляционный / нормализованный подход имеет больше смысла.
Я бы, вероятно, сохранил бы сами теги в документе (внедренном), но если бы был какой-то шанс, что янужно перемещать узлы дерева в режиме онлайн, тогда я бы сохранил иерархию в другом документе.Запросы не должны быть медленными, если сначала выровнять поисковый запрос (в соответствии с текущим деревом), а затем выполнить поиск по этим тегам.Этот подход, вероятно, не будет хорошо масштабироваться, если в результате сглаженного поискового запроса будут содержаться сотни тегов (какого размера ваше дерево?).
Если теги нельзя переместить новым родителям (или только вам,во время планового технического обслуживания), вперёд и внедрите всю иерархию.