У меня была такая же ошибка, когда я копировал проект на другой компьютер.
Затем я проверил все свойства проекта на обеих машинах, и единственное, что отличалось, это порядок элементов в Java Build Path - вкладка Order and Export.
Я переместил элементы Android X.X.X и Android Dependencies выше двух других в списке (в моем случае папки src и gen) и вуаля, это снова заработало!
Я не совсем уверен, что проблема была в другом порядке, но, по крайней мере, его изменение (и повторное сохранение свойств), похоже, помогло ...