Возможно, файл JQuery не найден, попробуйте это для ссылки на скрипт:
<script src="<%= Url.Content ("~/Scripts/jquery-1.2.6.js") %>" type="text/javascript"></script>
Url.Content создаст правильный путь независимо от того, запущено ли приложение в корневом каталоге или подкаталоге.
Кроме того, если вы установили исправление для JS intellisense, вы можете использовать его в дополнение к приведенному выше:
<% if (false) { %>
<!-- Don't wrap this is a Url.Content call, it's like this so we get intellisense! -->
<script src="../../Scripts/jquery-1.2.6-vsdoc.js" type="text/javascript"></script>
<% } %>
Edit:
С момента выхода RC 1 Refresh существует известная ошибка при размещении элементов с блоками кода в заголовке, у Филипа Хаакеда есть статья о ее решении ...
Редактировать 2:
Видимо, это было исправлено после выпуска RC 2 ...
• Слепки кода, которые являются прямыми дочерними элементами элемента head, не вызывают исключения, если к ним добавлен атрибут runat = "server".
Редактировать 3:
Исправление, упомянутое ранее, применимо только к VS2008 и доступно здесь - подробности см. В блоге команды разработчиков VS Web здесь . VS2010 имеет его встроенный.