Запуск команд Bash в Python - PullRequest
       86

Запуск команд Bash в Python

223 голосов
/ 23 ноября 2010

На моем локальном компьютере я запускаю скрипт python, который содержит эту строку

bashCommand = "cwm --rdf test.rdf --ntriples > test.nt"
os.system(bashCommand)

Это отлично работает.

Затем я запускаю тот же код на сервере и получаю следующее сообщение об ошибке

'import site' failed; use -v for traceback
Traceback (most recent call last):
File "/usr/bin/cwm", line 48, in <module>
from swap import  diag
ImportError: No module named swap

Итак, я вставил print bashCommand, который печатает меня, а не команду в терминале, прежде чем он запускает ее с os.system().

Конечно, я снова получаю ошибку (вызванную os.system(bashCommand)), но перед этой ошибкой она печатает команду в терминале. Затем я просто скопировал этот вывод и сделал копию вставки в терминал и нажал Enter, и это работает ...

Кто-нибудь знает, что происходит?

Ответы [ 9 ]

255 голосов
/ 23 ноября 2010

Не используйте os.system.Он устарел в пользу подпроцесса .Из документов : «Этот модуль предназначен для замены нескольких более старых модулей и функций: os.system, os.spawn».

Как и в вашем случае:

bashCommand = "cwm --rdf test.rdf --ntriples > test.nt"
import subprocess
process = subprocess.Popen(bashCommand.split(), stdout=subprocess.PIPE)
output, error = process.communicate()
73 голосов
/ 21 августа 2018

Чтобы немного расширить предыдущие ответы, есть ряд деталей, которые обычно упускаются из виду.

  • Предпочитают subprocess.run() более subprocess.check_call() и друзей более subprocess.call() более subprocess.Popen() более os.system() более os.popen()
  • Понять и, вероятно, использовать text=True, он же universal_newlines=True.
  • Понять значение shell=True или shell=False и то, как оно меняет цитирование и доступность удобства оболочки.
  • Понять разницу между sh и Bash
  • Понять, как подпроцесс отделен от своего родителя и, как правило, не может изменить родителя.
  • Избегайте запуска интерпретатора Python как подпроцесса Python.

Эти темы более подробно описаны ниже.

Предпочитают subprocess.run() или subprocess.check_call()

Функция subprocess.Popen() - это рабочая лошадка низкого уровня, но ее сложно использовать правильно, и в итоге вы копируете / вставляете несколько строк кода ... которые обычно уже существуют в стандартной библиотеке как набор более высокого уровня Функции-оболочки для различных целей, которые более подробно представлены ниже.

Вот параграф из документации :

Рекомендуемый подход к вызову подпроцессов заключается в использовании функции run() для всех случаев использования, которые он может обработать. Для более сложных вариантов использования базовый интерфейс Popen может использоваться напрямую.

К сожалению, доступность этих функций-оболочек отличается в разных версиях Python.

  • subprocess.run() был официально представлен в Python 3.5. Он предназначен для замены всего следующего.
  • subprocess.check_output() был представлен в Python 2.7 / 3.1. Это в основном эквивалентно subprocess.run(..., check=True, stdout=subprocess.PIPE).stdout
  • subprocess.check_call() был представлен в Python 2.5. Это в основном эквивалентно subprocess.run(..., check=True)
  • subprocess.call() был представлен в Python 2.4 в оригинальном модуле subprocess ( PEP-324 ). Это в основном эквивалентно subprocess.run(...).returncode

API высокого уровня против subprocess.Popen()

Реорганизованный и расширенный subprocess.run() более логичен и более универсален, чем старые устаревшие функции, которые он заменяет. Он возвращает объект CompletedProcess, который имеет различные методы, позволяющие получить состояние завершения, стандартный вывод и несколько других результатов и индикаторов состояния из готового подпроцесса.

subprocess.run() - это путь, если вам просто нужна программа для запуска и возврата управления в Python. Для более сложных сценариев (фоновые процессы, возможно, с интерактивным вводом-выводом с родительской программой Python) вам все равно нужно использовать subprocess.Popen() и самостоятельно позаботиться обо всем. Это требует довольно сложного понимания всех движущихся частей и не должно быть предпринято легко. Более простой Popen объект представляет (возможно, все еще работающий) процесс, которым нужно управлять из вашего кода в течение оставшейся части времени жизни подпроцесса.

Следует, вероятно, подчеркнуть, что просто subprocess.Popen() просто создает процесс. Если вы оставите все как есть, у вас будет подпроцесс, работающий одновременно с Python, так что это «фоновый» процесс. Если ему не нужно вводить или выводить или иным образом координировать с вами, он может выполнять полезную работу параллельно с вашей программой на Python.

Избегайте os.system() и os.popen()

Начиная с вечного времени (ну, начиная с Python 2.5) документация os модуля содержит рекомендацию предпочитать subprocess над os.system():

Модуль subprocess предоставляет более мощные средства для запуска новых процессов и получения их результатов; использование этого модуля предпочтительнее, чем использование этой функции.

Проблемы с system() заключаются в том, что он явно зависит от системы и не предлагает способов взаимодействия с подпроцессом. Он просто работает со стандартным выводом и стандартной ошибкой вне досягаемости Python. Единственная информация, которую Python получает обратно, - это состояние завершения команды (ноль означает успех, хотя значение ненулевых значений также в некоторой степени зависит от системы).

PEP-324 (о котором уже упоминалось выше) содержит более подробное обоснование того, почему os.system проблематичен и как subprocess пытается решить эти проблемы.

os.popen() раньше было еще больше настоятельно не рекомендуется :

Устаревшее с версии 2.6: Эта функция устарела. Используйте модуль subprocess.

Однако с тех пор в Python 3 было переопределено простое использование subprocess, и подробности перенаправляются в документацию subprocess.Popen().

Понимаю и обычно использую check=True

Вы также заметите, что subprocess.call() имеет много тех же ограничений, что и os.system(). При регулярном использовании обычно следует проверять, успешно ли завершен процесс, что делают subprocess.check_call() и subprocess.check_output() (где последний также возвращает стандартный вывод завершенного подпроцесса). Точно так же вы обычно должны использовать check=True с subprocess.run(), если вам не требуется, чтобы подпроцесс возвращал состояние ошибки.

На практике с check=True или subprocess.check_* Python сгенерирует CalledProcessError исключение , если подпроцесс вернет ненулевой статус выхода.

Распространенная ошибка с subprocess.run() - пропуск check=True и удивление при сбое нижестоящего кода в случае сбоя подпроцесса.

С другой стороны, общая проблема с check_call() и check_output() заключалась в том, что пользователи, которые слепо использовали эти функции, были удивлены, когда возникло исключение, например. когда grep не нашел соответствия. (В любом случае, вам, вероятно, следует заменить grep на собственный код Python, как показано ниже.)

С учетом всего, вам нужно понять, как команды оболочки возвращают код выхода и при каких условиях они возвращают ненулевой (ошибочный) код выхода, и принимать осознанное решение, как именно его следует обрабатывать.

Понять и, вероятно, использовать text=True иначе universal_newlines=True

Начиная с Python 3, строки внутри Python являются строками Unicode. Но нет никакой гарантии, что подпроцесс генерирует выходные данные Unicode или строки вообще.

(Если различия не сразу очевидны, рекомендуется Pragmatic Unicode Неда Батчелдера, если не прямо, то чтение. За ссылкой, если хотите, есть 36-минутная видеопрезентация, хотя вы и читаете Сама страница, вероятно, займет значительно меньше времени.)

В глубине души Python должен получить буфер bytes и как-то его интерпретировать. Если он содержит двоичный объект двоичных данных, его не следует декодировать в строку Unicode, потому что это склонно к ошибкам и вызывает ошибки - именно такого рода надоедливое поведение, которое пронизывает многие скрипты Python 2, прежде чем был способ правильно провести различие между закодированным текстом и двоичными данными.

Используя text=True, вы сообщаете Python, что фактически ожидаете возврата текстовых данных в кодировке системы по умолчанию и что они должны быть декодированы в строку Python (Unicode) в меру возможностей Python (обычно UTF- 8 на любой умеренно современной системе, кроме, возможно, Windows?)

Если это , а не , что вы запрашиваете обратно, Python просто выдаст вам bytes строки в строках stdout и stderr. Может быть, в какой-то момент вы do знаете, что в конце концов они были текстовыми строками, и вы знаете их кодировку. Затем вы можете их декодировать.

normal = subprocess.run([external, arg],
    stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,
    check=True,
    text=True)
print(normal.stdout)

convoluted = subprocess.run([external, arg],
    stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,
    check=True)
# You have to know (or guess) the encoding
print(convoluted.stdout.decode('utf-8'))

В Python 3.7 введен более короткий и более описательный и понятный псевдоним text для аргумента ключевого слова, который ранее несколько вводил в заблуждение как universal_newlines.

Понять shell=True против shell=False

С помощью shell=True вы передаете одну строку в вашу оболочку, и оболочка забирает ее оттуда.

С помощью shell=False вы передаете список аргументов ОС, минуя оболочку.

Когда у вас нет оболочки, вы сохраняете процесс и избавляетесь от довольно значительного количества скрытой сложности, которая может или не может содержать ошибки или даже проблемы безопасности.

С другой стороны, когда у вас нет оболочки, у вас нет перенаправления, подстановочного знака, управления заданиями и большого количества других функций оболочки.

Распространенной ошибкой является использование shell=True, а затем передача Python списка токенов или наоборот. В некоторых случаях это срабатывает, но на самом деле плохо определено и может ломаться интересными способами.

# XXX AVOID THIS BUG
buggy = subprocess.run('dig +short stackoverflow.com')

# XXX AVOID THIS BUG TOO
broken = subprocess.run(['dig', '+short', 'stackoverflow.com'],
    shell=True)

# XXX DEFINITELY AVOID THIS
pathological = subprocess.run(['dig +short stackoverflow.com'],
    shell=True)

correct = subprocess.run(['dig', '+short', 'stackoverflow.com'],
    # Probably don't forget these, too
    check=True, text=True)

# XXX Probably better avoid shell=True
# but this is nominally correct
fixed_but_fugly = subprocess.run('dig +short stackoverflow.com',
    shell=True,
    # Probably don't forget these, too
    check=True, text=True)

Общая реплика «но это работает для меня» не является полезным опровержением, если вы точно не понимаете, при каких обстоятельствах она может перестать работать.

Пример рефакторинга

Очень часто функции оболочки могут быть заменены собственным кодом Python. Простые сценарии Awk или sed, вероятно, должны быть просто переведены на Python.

Чтобы частично проиллюстрировать это, вот типичный, но немного глупый пример, который включает в себя множество функций оболочки.

cmd = '''while read -r x;
   do ping -c 3 "$x" | grep 'round-trip min/avg/max'
   done <hosts.txt'''

# Trivial but horrible
results = subprocess.run(
    cmd, shell=True, universal_newlines=True, check=True)
print(results.stdout)

# Reimplement with shell=False
with open('hosts.txt') as hosts:
    for host in hosts:
        host = host.rstrip('\n')  # drop newline
        ping = subprocess.run(
             ['ping', '-c', '3', host],
             text=True,
             stdout=subprocess.PIPE,
             check=True)
        for line in ping.stdout.split('\n'):
             if 'round-trip min/avg/max' in line:
                 print('{}: {}'.format(host, line))

Некоторые вещи, на которые стоит обратить внимание:

  • С shell=False вам не нужно цитирование, которое требуется оболочке вокруг строк. В любом случае помещать кавычки - это ошибка.
  • Часто имеет смысл запускать как можно меньше кода в подпроцессе. Это дает вам больше контроля над выполнением из вашего кода Python.
  • Сказав это, сложные конвейеры оболочки утомительны, а иногда и трудны для переопределения в Python.

Реорганизованный код также показывает, насколько действительно полезна оболочка для вас с очень кратким синтаксисом - к лучшему или к худшему. Python говорит, что явное лучше, чем неявное , но код Python является довольно многословным и, возможно, выглядит более сложным, чем на самом деле. С другой стороны, он предлагает ряд точек, в которых вы можете захватить контроль посреди чего-то другого, о чем тривиально свидетельствует улучшение, которое мы можем легко включить в имя хоста вместе с выводом команды оболочки. (Это ни в коем случае не является сложной задачей в оболочке, но за счет еще одной утечки и, возможно, другого процесса.)

Общие конструкции оболочки

Для полноты изложения приведем краткие пояснения некоторых из этих функций оболочки и некоторые примечания о том, как их можно заменить собственными средствами Python.

  • Расширение Globbing aka wildcard можно заменить на glob.glob() или очень часто простым сравнением строк Python, таким как for file in os.listdir('.'): if not file.endswith('.png'): continue. Bash имеет различные другие возможности расширения, такие как .{png,jpg} расширение скобок и {1..100}, а также расширение тильды (~ расширяется до вашего домашнего каталога и, в более общем случае, ~account до домашнего каталога другого пользователя)
  • Перенаправление позволяет читать из файла в качестве стандартного ввода и записывать стандартный вывод в файл. grep 'foo' <inputfile >outputfile открывает outputfile для записи и inputfile для чтения и передает его содержимое в качестве стандартного ввода в grep, чей стандартный вывод затем попадает в outputfile. Обычно это не сложно заменить на собственный код Python.
  • Трубопроводы - это форма перенаправления. echo foo | nl запускает два подпроцесса, где стандартный вывод echo является стандартным вводом nl (на уровне ОС, в Unix-подобных системах это дескриптор одного файла). Если вы не можете заменить один или оба конца конвейера собственным кодом Python, возможно, в конце концов подумайте об использовании оболочки, особенно если конвейер содержит более двух или трех процессов (хотя посмотрите на модуль pipes в Стандартная библиотека Python или ряд более современных и универсальных сторонних конкурентов).
  • Управление заданиями позволяет прерывать задания, запускать их в фоновом режиме, возвращать их на передний план и т. Д. Основные сигналы Unix для остановки и продолжения процесса, конечно, доступны и в Python. Но задания - это высокоуровневая абстракция в оболочке, которая включает группы процессов и т. Д., Которые вы должны понимать, если хотите сделать что-то подобное из Python.

Понять разницу между sh и Bash

subprocess запускает ваши команды оболочки с /bin/sh, если вы специально не запрашиваете иное (кроме, конечно, в Windows, где он использует значение переменной COMSPEC).Это означает, что различные функции Bash-only, такие как массивы, [[ и т. Д. , недоступны.

Если вам нужно использовать синтаксис Bash-only, вы можете передать путь к оболочкекак executable='/bin/bash' (где, конечно, если ваш Bash установлен где-то еще, вам нужно изменить путь).

subprocess.run('''
    # This for loop syntax is Bash only
    for((i=1;i<=$#;i++)); do
        # Arrays are Bash-only
        array[i]+=123
    done''',
    shell=True, check=True,
    executable='/bin/bash')

A subprocess отделен от своего родителя и не может изменить его

Несколько распространенная ошибка - делать что-то вроде

subprocess.run('foo=bar', shell=True)
subprocess.run('echo "$foo"', shell=True)  # Doesn't work

, что, помимо недостатка элегантности, также выдает принципиальное непонимание "под" части названия "подпроцесс".

Дочерний процесс запускается совершенно отдельно от Python, и когда он завершается, Python понятия не имеет, что он сделал (кроме неопределенных индикаторов, которые он может вывести из состояния выхода и вывода из дочернего процесса).Ребенок обычно не может изменить среду родителей;он не может установить переменную, изменить рабочий каталог или, во многих словах, связаться со своим родителем без сотрудничества с родителем.

Немедленное исправление в этом конкретном случае - запустить обе команды в одном подпроцессе.;

subprocess.run('foo=bar; echo "$foo"', shell=True)

хотя очевидно, что этот конкретный вариант использования вообще не требует оболочки.Помните, что вы можете манипулировать средой текущего процесса (и, следовательно, также его дочерних элементов) через

os.environ['foo'] = 'bar'

или передать настройку среды дочернему процессу с помощью

subprocess.run('echo "$foo"', shell=True, env={'foo': 'bar'})

(неупомяните очевидный рефакторинг subprocess.run(['echo', 'bar']), но, конечно, echo - плохой пример того, что нужно запускать в подпроцессе.

Не запускать Python из Python

Это немного сомнительный совет;безусловно, существуют ситуации, когда это имеет смысл или даже является абсолютным требованием для запуска интерпретатора Python в качестве подпроцесса из сценария Python.Но очень часто правильным подходом является просто import другой модуль Python в ваш вызывающий скрипт и прямой вызов его функций.

Если другой скрипт Python находится под вашим контролем, и это не модульрассмотрим превращение его в один .(Этот ответ уже слишком длинный, поэтому я не буду вдаваться в подробности.)

Если вам нужен параллелизм, вы можете запускать функции Python в подпроцессах с модулем multiprocessing. Естьтакже threading, который выполняет несколько задач в одном процессе (который является более легким и дает вам больше контроля, но также более ограничен в том, что потоки в процессе тесно связаны и связаны с одним GIL .)

38 голосов
/ 23 ноября 2010

Вызовите это с подпроцессом

import subprocess
subprocess.Popen("cwm --rdf test.rdf --ntriples > test.nt")

Похоже, ошибка, которую вы получаете, потому что на сервере нет модуля подкачки, вы должны установить на сервере своп, а затем снова запустить скрипт

18 голосов
/ 20 августа 2015

Возможно, вы используете программу bash с параметром -c для выполнения команд:

bashCommand = "cwm --rdf test.rdf --ntriples > test.nt"
output = subprocess.check_output(['bash','-c', bashCommand])
9 голосов
/ 01 сентября 2016

Вы можете использовать «подпроцесс», но я всегда чувствовал, что это не «питонский» способ сделать это.Поэтому я создал Sultan (бесстыдный плагин), который упрощает запуск функций командной строки.

https://github.com/aeroxis/sultan

8 голосов
/ 23 ноября 2010

В соответствии с ошибкой на сервере отсутствует пакет с именем swap .Это /usr/bin/cwm требует этого.Если вы используете Ubuntu / Debian, установите python-swap с помощью aptitude.

2 голосов
/ 31 октября 2018

Чтобы запустить команду без оболочки, передайте команду как список и выполните перенаправление в Python, используя [subprocess]:

#!/usr/bin/env python
import subprocess

with open('test.nt', 'wb', 0) as file:
    subprocess.check_call("cwm --rdf test.rdf --ntriples".split(),
                          stdout=file)

Примечание: нет > test.nt в конце. stdout=file осуществляет перенаправление.


Чтобы запустить команду с помощью оболочки в Python, передайте команду в виде string и включите shell=True:

#!/usr/bin/env python
import subprocess

subprocess.check_call("cwm --rdf test.rdf --ntriples > test.nt",
                      shell=True)

Вот оболочка отвечает за перенаправление вывода (> test.nt в команде).


Чтобы запустить команду bash, которая использует bashisms, укажите явно исполняемый файл bash, например, эмулировать подстановку процесса bash :

#!/usr/bin/env python
import subprocess

subprocess.check_call('program <(command) <(another-command)',
                      shell=True, executable='/bin/bash')
1 голос
/ 14 августа 2018

Также вы можете использовать «os.popen». Пример:

import os

command = os.popen('ls -al')
print(command.read())
print(command.close())

Выход:

total 16
drwxr-xr-x 2 root root 4096 ago 13 21:53 .
drwxr-xr-x 4 root root 4096 ago 13 01:50 ..
-rw-r--r-- 1 root root 1278 ago 13 21:12 bot.py
-rw-r--r-- 1 root root   77 ago 13 21:53 test.py

None
0 голосов
/ 31 марта 2018

Питонический способ сделать это - использовать subprocess.Popen

subprocess.Popen, где берется список, в котором первый элемент - это команда, которая должна быть выполнена, за которой следуют любые аргументы командной строки.

Как пример:

import subprocess

args = ['echo', 'Hello!']
subprocess.Popen(args) // same as running `echo Hello!` on cmd line

args2 = ['echo', '-v', '"Hello Again"']
subprocess.Popen(args2) // same as running 'echo -v "Hello Again!"` on cmd line
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...