Вам нужно использовать вложенные циклы, как это:
foreach($courses as $course)
{
foreach($sections as $section)
{
}
}
Конечно, это зациклит каждый раздел для каждого курса.
Если вы хотите взглянуть на каждую пару, вам лучше использовать либо объекты, содержащие пары курс / секция, и циклически повторять их, либо убедиться, что индексы одинаковы, и выполнить:
foreach($courses as $key => $course)
{
$section = $sections[$key];
}