Пакет Windows R Sweave ошибка загрузки пакетов - PullRequest
Новая
       11

Пакет Windows R Sweave ошибка загрузки пакетов

2 голосов
/ 24 августа 2010

У меня проблемы с поиском четкой документации по настройке командного файла для документа Sweave в Windows XP.

Я использую найденные пакетные файлы здесь

Я создал имена пакетных файлов run.bat, которые содержат следующее: 

Sweave myFile.Rnw

Первое, что я делаю в своем файле Sweave после установки wd, это чтение в наборе данных с использованием пакета RODBC: 

library(RODBC)
fetch <- odbcConnect("myDatabase")
myData <- "select * from myTable"
x <- sqlQuery(fetch, myData)
odbcCloseAll()

Когда я запускаю свой пакетный файл, я получаю следующую ошибку: 

Error: chunk 2
Error in library(RODBC) : there is no package called RODBC
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
    there is no package called 'xtable'

Очевидно, что эти пакеты существуют и являются функциональными, но что-то не так в разрешениях или не находит нужные каталоги. Есть мысли?

Смежный вопрос здесь

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 24 августа 2010

Я нашел немедленное решение своей проблемы, хотя понимаю, что у этого метода есть определенные ограничения. Я отказался от использования предоставленных CRAN .bat файлов для динамического поиска подходящего пути к R и жестко закодировал путь к R как таковой: 

"C:\Program Files\R\R-2.11.0\bin\Rterm.exe" --vanilla <%run.r>%run.r
 del *.log
 del *.aux

Этот .bat файл запустит R, запустите скрипт run.r, который содержит две команды: 

Sweave("myFile.Rnw")
tools::texi2dvi("myFile.tex", pdf=TRUE)

, а затем очищает промежуточные файлы .log и .aux из вывода LaTeX. Очевидно, что большая часть работы выполняется в myFile.Rnw, но это позволит мне, по крайней мере, нажать одну кнопку, выполнить мой анализ и сгенерировать файл PDF.

Если кто-то может придумать способ сделать это более эффективным, я был бы признателен за это.

1 голос
/ 24 августа 2010

Что это возвращает, когда вы набираете его в R (в графическом интерфейсе)? 

 .libPaths()

Что это показывает при запуске в файле Rnw?

Документация в help(Startup) будет содержать несколько предложений относительно того, где вы можете установить R_LIBS и его варианты.

...