Мне удалось исправить мою проблему, запретив запуск событий jQgrid после события флажка.
Я изменил свой флажок на ...
<input type="checkbox" onclick="checkBox(event)" />
и добавил следующий метод...
function checkBox(e) {
e = e||event;/* get IE event ( not passed ) */
e.stopPropagation? e.stopPropagation() : e.cancelBubble = true;
}