Я широко использую WiX для создания пакетов MSI.У него довольно крутая кривая обучения, но когда вы знаете, что делаете, он становится очень мощным.Ранее вы говорили, что для этого требуется Visual Studio, но я думаю, что это просто .NET 3.0, а не вся IDE.
Я использовал это руководство по WiX , когда я только начинал, и там есть почти все, что вам нужно, если вы хотите пойти по этому пути.После чего-то простого, найдите инструмент под названием WixEdit на SourceForge.У него есть графический интерфейс для создания MSI - он не идеален, но довольно прост в использовании и дает профессиональные результаты.
Повторюсь, WiX имеет очень крутую кривую обучения, и если вы просто послеспособ упаковки вашего приложения, NSIS может быть проще;или вы можете использовать стандартный инструмент IExpress.exe, встроенный в Windows, для создания самораспаковывающегося .exe (но он не «чувствует» себя так же хорошо, как MSI).