Вы можете использовать один селектор, чтобы найти все отмеченные флажки и удалить атрибут «флажок» из них. JQuery сделает это внутренне, выполняя цикл, но вам не нужно будет писать цикл самостоятельно:
$(':checkbox:checked').removeAttr('checked');
См. Селекторы :checkbox и :checked.