Объекты, которые вы описываете, принадлежат модели, поэтому они входят в application/models. Помните, что Модель - это все, что не относится к уровню представления (например, V и C в MVC). Мое предложение будет иметь такую структуру:
application
- models
-- my -> to indicate this is yours
--- persistence -> contains all classes that capsulte Data access logic
--- domain -> business objects in your domain of application
--- service -> services that use the domain objects or the persistence layer
--- mappers -> your ORM layer (unless you are not using Doctrine anyway)
Если у вас есть классы, которые достаточно универсальны для повторного использования в других приложениях, вы можете поместить их в папку / lib. Но все, что специально сделано для вашего приложения, должно идти в моделях.
Кроме того, взгляните на пример проекта ZFPlanet от Padraic Brady