Забудьте зацикливание. Просто сделай это:
select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a
where a.table_name like 'table_prefix_%';
Затем возьмите набор результатов и запустите его как скрипт SQL.
Кстати, вы, вероятно, имеете в виду create index index_name on table_name( column_name);