В Vista удалить:
C:\Users\<user>\AppData\Roaming\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\Shell\mru.dat
При удалении XP:
C:\Documents and Settings\<user>\Application Data\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\Shell\mru.dat
К сожалению, это удаляет все записи. Я не нашел способа удалить ни одной записи.
Если вышеупомянутое не работает, я слышал упоминание о:
C:\Users\<user>\AppData\Roaming\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\ShellSEM\mru.dat
или
C:\Documents and Settings\<user>\Application Data\Microsoft\Microsoft SQL Server\90\Tools\ShellSEM\mru.dat
но не могу проверить, так как у меня нет папки.
Статья об инструментах управления и администрирования SQL Server 2005:
http://www.informit.com/articles/article.aspx?p=680822&seqNum=2