ScaleAt работает со структурой Matrix (то есть свойством Transform.Value) и не будет отражаться в фактическом Transform. Что вы можете сделать, это получить текущую матрицу, масштабировать ее, а затем применить новую матрицу в качестве преобразования матрицы для элемента. Примерно так:
Transform t = myObject.RenderTransform;
Matrix m = t.Value;
m.ScaleAt(1.1, 1.1, 0, 0);
myObject.RenderTransform = new MatrixTransform(m);