На самом деле, это относительно просто:
... | sed 's/^/--prefix=/g' | xargs echo | xargs -I PARAMS your_cmd PARAMS
sed 's/^/--prefix=/g'
является необязательным, на случай, если вам нужно добавить к каждому параметру префикс --prefix =.
xargs echo
превращает список строк параметров (по одному параметру в каждой строке) в список параметров в одной строке, а xargs -I PARAMS your_cmd PARAMS
позволяет запускать команду, размещая параметры в любом месте.
Итак, cat input.txt | sed 's/^/--file=/g' | xargs echo | xargs -I PARAMS my-program PARAMS
делает то, что вам нужно (при условии, что все строки в input.txt просты и квалифицируются как одно значение параметра каждая).