Попробуйте использовать версию MageUI.exe из папки .NET 4, которая находится в:
C:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\Windows\v7.0A\Bin\NETFX 4.0 Tools
Кстати, вы можете установить местоположение файла публикации на общий ресурс UNC, а в качестве URL-адреса установки - ваш HTTP-адрес и затем публикацию. Это поместит файлы в общий ресурс, но установочный URL будет установлен. Если это все, что вы меняете, то все будет проще.
Кроме того, только к вашему сведению, вы можете публиковать с FTP (публикация расположения файла выглядит как ftp://myserver/myfolder/
), если вы не хотите (или не можете) установить FPSE .