Вы всегда можете попробовать запустить
`SELECT `topic` FROM `stories` WHERE `newstype`='2' GROUP BY `topic`
сначала запрос, а затем синтаксический анализ его в формате для использования в IN () в основном запросе.
Ой, подождите, я думал, что смотрю на PHP, а не на общий список вопросов.