Должно быть очень легко перенести ваше приложение в Azure, особенно если вы используете серверную часть SQL. Код может работать почти без изменений. Вам необходимо создать установочный пакет Azure для проекта и файла конфигурации.
Если ваше приложение использует постоянное хранилище (кроме SQL Server), вам, возможно, придется несколько переработать этот код. Однако на платформе теперь есть хранилище на диске, которое имитирует файловую систему, поэтому это должно быть довольно просто.
Другая проблема, на которую стоит обратить внимание, - это web.config. Если вы интенсивно используете это для настройки времени выполнения, вам также придется его переделать. Вы не можете развернуть отдельные файлы в своем приложении в Azure, поэтому рекомендуемый подход заключается в переносе таких настроек в файл конфигурации Azure.
Самое сложное, с чем вы можете столкнуться, это внешние приложения. Если ваше приложение использует другие процессы, это потребует серьезного изменения.