Мы используем оба. NAnt отвечает за все "скриптовые" вещи, такие как копирование, развертывание на IIS , создание пакетов, а MSBuild отвечает за построение решения. Тогда мы сможем избежать проблем с неподдерживаемым .NET 4.0 с помощью новой версии NAnt.
NAnt также более масштабируемый. Если мы хотим перенести сценарии развертывания на рабочие серверы, мы только копируем файл сборки и устанавливаем правильную версию .NET - никаких проблем Visual Studio с файлами csproj:)