Насколько я знаю, общая проблема с файлами, сохраненными в Notepad ++ как UTF-8 и Cygwin, заключается в том, что Notepad ++ сохраняет файлы в кодировке UTF-8 с отметкой порядка байтов по умолчанию. Этот символ BOM не совсем совместим с Unix-подобными средами, такими как Cygwin.
Если вам нужны символы Unicode в этих файлах, то вы можете попробовать использовать кодировку «UTF-8 без BOM» в Notepad ++, в противном случае вы можете использовать ANSI или другие кодировки, которые по умолчанию не используют BOM.
Помимо кодировки, убедитесь, что файл сохранен с использованием переносов строки Unix (LF).