У меня также была похожая ошибка после удаления всех файлов на моем локальном компьютере, и я должен очистить все файлы в хранилище.
Мое сообщение об ошибке было примерно таким:
error: src refspec master does not match any.
error: failed to push some refs to 'git@github ... .git'
и это решается путем выполнения следующих команд:
touch README
git add README
git add (all other files)
git commit -m 'reinitialized files'
git push origin master --force # <- caution, --force can delete others work.
Все, надеюсь, это поможет.