Как вы проводите тесты? Вы используете файл .vsmdi или просто указываете, что запускаете все тесты в сборках * Tests.dll?
Если это последняя версия, и вы используете TFS 2008, то вам нужно добавить следующее к первой группе PropertyGroup в файле TFSBuild.proj для сборки.
<RunConfigFile>$(SolutionRoot)\TestRunConfig.testrunconfig</RunConfigFile>
Это указывает сборку на ваш .testrunconfig, чтобы он мог подобрать инструкции для запуска покрытия кода.