У меня возникла та же проблема (mysql 5.6 на Mac) с ошибкой 'can rmdir ..' - при удалении баз данных.Оставив пустой каталог базы данных, от которого невозможно избавиться.Спасибо @Framework и @Beel за решения.
Сначала я удалил каталог db из Терминала в (/Applications/XAMPP/xamppfiles/var/mysql).
Для дальнейшего удаления db я также удалил пустой тестовый файл.В моем случае файл назывался NOTEMPTY, но по-прежнему содержал 0:
sudo ls -al test
total 0
drwxrwx--- 3 _mysql _mysql 102 Mar 26 16:50 .
drwxrwxr-x 18 _mysql _mysql 612 Apr 7 13:34 ..
-rw-rw---- 1 _mysql _mysql 0 Jun 26 2013 NOTEMPTY
Chmod, а затем
sudo rm -rf test/NOTEMPTY
Нет проблем с удалением баз данных после этого