php -r 'parse_str($argv[2],$_GET);include $argv[1];' index.php 'a=1&b=2'
Первую часть можно создать как псевдоним:
alias php-get='php -r '\''parse_str($argv[2],$_GET);include $argv[1];'\'
, затем просто использовать:
php-get some_script.php 'a=1&b=2&c=3'