Вы можете использовать оболочку adb, чтобы сделать это даже без рутированного телефона.Единственный улов в том, что приложение должно быть отлаживаемым.
run-as <your package name> <command>
Например:
run-as com.asdf.blah rm /data/data/com.asdf.blah/databases/myDB.db
В качестве альтернативы, вы можете просто сделать выше, но без команды, которая направит вас ккорень пакета приложения и позволяет вам выполнять больше команд в контексте приложения.