Вы смотрите на два разных файла.
Невозможно кодировать 204160_20090604_Atropine_DCB_oogdruppels_
в 204177_20090604_Chloorhexidine_DCB_oogdruppels_
, кодировка не меняет алфавитные символы.
Ошибка наиболее вероятна в коде, который создает список файлов и выводит ссылки; Отображение между названиями ссылок и именами файлов, похоже, испорчено.