Не должно, но могло бы.
Допустимая строка base64 не должна содержать пробелов, поскольку алфавит кодирования должен состоять только из A-Z a-z 0-9 + /
Однако, если закодированные данные содержат символ «+» и данные передаются в URL-адресе, их можно непреднамеренно преобразовать в пробел. Таким образом, вы можете встретить предполагаемую строку base64, в которой, по-видимому, есть пробелы в этих обстоятельствах.
Если это так, просто замените пробелы на плюсы перед расшифровкой.
PS. Я думаю о целом "MySQL будет сокращать конечные пробелы при хранении строк в полях VARCHAR" здесь
Кроме того, завершающие пробелы в varchar не будут случайно удалены с MySQL 5.0.3