Вы установили 32-битный питон на свою машину? Я думаю, что все будет в порядке, если вы запустите его из 32-битного Python и убедитесь, что вы ссылаетесь на правильный python.h.
Я никогда не пытался кросс-компилировать в Linux, но я компилировал для разных питонов, установленных бок о бок в 64-битной Windows.
Тогда, конечно, есть ядерная опция установки 32-битной виртуальной машины и компиляции оттуда.