В моем случае я установил CookieOptions.Secure = true, но протестировал его на http://localhost., и браузер скрывает куки в соответствии с настройкой.
Чтобы избежать такой проблемы, вы можете сделать опцию Cookie безопасной, чтобы соответствовать протоколу Request.IsHttps, например.
new CookieOptions()
{
Path = "/",
HttpOnly = true,
Secure = Request.IsHttps,
Expires = expires
}