К сожалению, то, что вы пытаетесь сделать, требует грамматики без контекста и не может быть сделано с помощью регулярного выражения. Это из-за вложенности, а в теории компьютерных наук нам требуется стек, чтобы отслеживать, когда вы вложены в кавычки или что-то нет. (С технической точки зрения для этого требуется обычный автомат, а не обычный язык. Бла-бла, академия-бла ...) Это не сложно реализовать, но это нужно делать процедурно, и, честно говоря, это может потребовать больше усилий, чем вы хотите израсходовать.
Если вы не против вырезать и вставлять, вы можете использовать SQLInform . Онлайн-режим бесплатный и поддерживает удаление комментариев.
UPDATE
Учитывая комментарий, который я получил ниже, я поиграл с редактором MySQL. Я ошибся - они фактически запретили вложение чего-то более глубокого, чем один уровень. Вы больше не можете вкладывать комментарий внутри комментария (если вы когда-либо могли). В любом случае я оставлю свой ответ только для ссылки SQLInform.