В поиске Google вы можете ввести:
сайт: ваш_домен
И он покажет вам результаты. Вы можете использовать API пользовательского поиска Google программно для этого.
http://code.google.com/apis/customsearch/v1/overview.html
Возвращает результаты JSON, которые можно преобразовать в объекты C # с помощью DataContractSerializer.
Вам нужно будет зарегистрировать ключ API, если вы пойдете по этому маршруту.
Редактировать
Что касается Html Agility Pack, у меня есть пост в блоге, который показывает, как вы можете извлечь ссылки на странице
Поиск ссылок на веб-странице