Создание двух разных проектов установки, один из которых называется Production Setup , а другой - Test Setup , может быть самым чистым способом, поскольку заставляет ОС полагать, что вы поставляете два разных продукта, которые на самом деле дело здесь.
Переход на WiX, как вы сами предложили, действительно дает то преимущество, что вы можете повторно использовать детали в обоих ваших проектах установки, избегая, например, необходимости поддерживать один и тот же список файлов дважды.
Есть, конечно, другой вариант. Если ваши Production Setup и ваши Test Setup проекты практически идентичны, и вам нужно просто обменять некоторые GUID (например, кодом продукта или пакета, чтобы MSI считала их другой), создайте простой сценарий, который копирует первый файл проекта установки во второе местоположение и обменивается GUID в файле (который является ничем иным, как файлом XML). Таким образом, вам нужно только сохранить первый файл проекта и легко восстановить второй, повторно запустив скрипт.
Лично я делаю такие вещи в VBS, но вы также можете использовать для этого PowerShell или написать простой инструмент на любом языке, способном выполнять обработку XML или RegEx.