Я столкнулся с той же ошибкой, используя Xcode 4.2 в относительно новом проекте ранее сегодня.
Сначала я решил эту проблему, клонировав репозиторий в одноуровневую директорию.В терминале:
> cd /path/to/XCodeProject
> mkdir ../Clone
> cd ../Clone
> git clone ../XCodeProject/.git .
Однако, когда я удалил исходный проект и переименовал новый каталог с тем же именем, проблема снова появилась.
В конце концов, обходной путь должен был просто найтимои файлы .xcodeproj и .git и дают родительскому каталогу другое имя.