Для больших проектов мой личный метод состоит в том, что все получает свою собственную папку. i.e.:
Root -> (Классы, структуры)
Классы -> (ClassA, ClassB)
Структуры -> (StructA, StructB)
При необходимости вы можете дополнительно разделить StructA или Struct B ...
StructA -> (Методы, Struct)
и т.д.